En realidad la compresión MP3 se basa en algo más que solo cortar frecuencias altas, utiliza psicoacústica para trabajar pero bueno, eso lo puedes ver en Wikipedia.
En todo caso, el MP3 tiene como límite frecuencial 24Khkz, y esto, estará regido por su Sample Rate o Frecuencia de muestreo.
Vamos a lo práctico.
Si, si hay diferencia entre dos MP3 a 320kbps que estén en 44.1Khz y 48Khz, lo puedes comprobar con un analizador de espectro y calculando un promedio de ambos archivos.
Aquí una captura de una comparación hecha usando un archivo wav mono con white noise en 24bits 96Khz,
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Paso 1 abrir el wav y hacer un downsampling a 48Khz, guardar en mp3 320kbps/48Khz
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Paso 2 abrir el wav y hacer un downsampling a 44.1Khz, guardar en mp3 320kbps/44.1Khz
La pregunta siguiente es: Ese rango de 22Khz a 24Khz, ¿lo puedes escuchar?

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