(Al fin con internet)
La respuesta no es tan sencilla como "esta bien" o "esta mal". Depende de varias cosas, me voy un toque a las generales.
Aspectos Generales.
1. Los recursos de tu computadora
Usar dos canales por guitarra, implica el doble de recursos, lo cual, dependiendo de la capacidad de procesamiento y RAM de tu máquina, te puede jugar una mala pasada, sobre todo si debes duplicar luego el procesado (plugins) en cada track. Una "solución" a esto podría ser que envíes las guitarras pares a una salida GRUPO (Aux para los que usan ProTools) y desde ahí hacer tu procesamiento y envíos de efectos.
2. Es otra sección de la canción
Esto es más o menos lo que dices (más o menos). Cuando las guitarras pertenecen a otra sección de la canción puede ser que quieras separarlas porque en el momento de la mezcla es posible que les des otro tratamiento diferente, aquí ya debes estar visualizando o imaginando cual es el la sonoridad final que estarás buscando. Aunque esto también se puede lograr con automatización, algunos prefieren separarlo. Igual tu cuello de botella será el punto 1.
3. Vas a exportarlo?
Si tu proyecto va a ser enviado a mezclar a otro lado donde no usan tu mismo DAW, si bien es cierto que existen formatos como OMF para intercambio de información, lo mejor es tener el track consolidado como un solo evento si es que quieres que sea tratada como un mismo instrumento. En tu imagen de ejemplo, requerirías el doble de espacio para lograr esto, pues deberías exportar dos WAVs de la misma longitud para tener lo que tu llamas "Guitar L" y dos para "Guitar R".
En tu caso específico.
Me estoy imaginando que haces esto por un asunto de monitoreo, pues quieres escuchar lo que ya has grabado y además lo que estás tocando, te puedo recomendar un par de cosas para Cubase (pero que es aplicable a cualquier otro DAW)
"Pista Monitor"
Si es así, lo que podrías hacer es crear una pista muerta, aquí mantendrás siempre encendido el monitoreo, así puedes escuchar y grabar al mismo tiempo siempre.
Doble Pista Temporal Más Monitor
Si con la solución anterior tienes problemas porque se te escapa el sitio donde debes presionar grabar (REC) lo haces muy antes y por esto no se siente el feeling final de la guitarra, puedes además crear una segunda pista, a esta le pondrás el mismo nombre que a tu pista original.
Una vez termines de grabar el evento, mueves este a la pista oficial.
Consejo Extra
Al menos que tengas muy claro que no tendrás más que una guitarra a la izquierda y otra a la derecha y estas nunca se moverán, yo no llamaría a las guitarras "L" y "R".
Personalmente prefiero trabajar con números "GTR 1" "GTR 2" "GTR N". y si en caso necesito relacionar una guitarra a otra porque en el arreglo trabajan juntas, lo que hago es ponerles puntos tipo "GTR 1" - "GTR 1.1" , para mi, quiere decir que esas dos guitarras deben trabajar juntas, ya sea apoyándose para obtener el color final (misma toma, diferentes micros), o balanceándose en la mezcla (diferentes tomas).
